תהליך בדיקת המזוזה מורכב משתי בדיקות, ידנית וממוחשבת.
בתחילה, בדיקה ידנית:
הבדיקה מתבצעת על ידי מגיה מוסמך של " משמרת סת"ם " אשר בודק מס' פרמטרים.
מצב הקלף שלא נתבלה עם השנים. צריך לבדוק כי אין נקבים הצמודים לאות. כי נקב מסוג זה מחסיר מהאות ויש חשש שיפסל.
את צורת האותיות שאינן דבוקות והינן בשלמותן.
את בדיקת דיוק ויישור הכתיבה ביחס לקווי השרטוט.
בדיקת צבע הדיו בכתב. דהיינו: שהדיו – שבאמצעותו נכתבת המזוזה נדרש להיות בצבע שחור של ממש ולא חום או אדמדם או דהוי – כי במרוצת השנים וכחלק מהבלאי הטבעי לחומר הצבע, קיים חשש כי הצבע ידהה וגוונו יוחלף וישתנה עד כדי פסילת המזוזה. במקרה והדיו דהוי ניתן לחדשו על ידי מעבר על כל אות בה הדיו דהה.
כלל: כל מוצרי סת"ם עשויים מקלף ודיו והם רגישים לקור, לחום וללחות.
למרות שמזוזה או תפילין או ספר תורה אינן חייבים לכתחילה בתיוג, למרות זאת אם יש תגין דהויים או בבדיקת תיוג באותיות שעטנ"ז ג"צ. תגים אלו חייבים להיות מחוברים לאותיות. ולא מופרדים זה מזה. התיוג נחשב כ"כתר" לאות ושלא יחשב אות על אות וכו' .
בדיקה ממוחשבת
לאחר שהמגיה בדק ידנית, מגיה אחר בודק בבדיקה ממוחשבת.
הבדיקה הממוחשבת מתבצעת בסיוע תוכנה ייחודית המאפשרת את בדיקת הנדרש ב'חסרות ויתרות'. התוכנה נכתבה לאחר פיתוח ומחקר רב ונחשבת למובילה באמינותה בעולם הסת"ם.
ראשית – סריקת המזוזה או התפילין או הספר תורה. באמצעות סורק ייחודי ומקצועי המאפשר סריקה גם לגודל קלף גדול כספר תורה – לאחר הסריקה המחשב מפענח את האותיות הכתובות ונותן את הערותיו אם יש אותיות מיותרות או חסרות ויש תוכנות שנותנות גם הערות הלכתיות מדוקדקות יותר, למשל אם האות קצרה או ארוכה מידי.
ישנן מילים זהות בפרשיות בטקסט של מזוזה , תפילין וכו' שהמילים אותן מילים וגם המשמעות. אך נכתבות לפעמים בתוספת אות ו' ולפעמים נכתבת ללא אות ו' וכיו"ב.
סיום תהליך הבדיקות:
עם סיום תהליך הבדיקה,
בספר תורה – יש לתקן את כל הטעיות שהמגיה והמחשב בדקו ורשמו כהערות לתיקון. על הסופר לתקן כקוציו של יוד. אחר התיקונים של הסופר מגיה שלישי בודק שהכן הכול תוקן כראוי וכי יכול להיות שמרוב תיקונים טעה הסופר פעם שנייה ובמקום לתקן שוב קלקל. אנו יוצאים בהנחה שאדם אינו מושלם ויכול לטעות גם אחרי שהעירו לו.
ייחודי לספר תורה כשמוסרים אותו אחרי בדיקת מחשב, מוסרים גם "דיסק" שבו סריקת המחשב שבדקו את הספר תורה – יש לשים לב שבדו"ח הבדיקה יהיה כתוב "לא נמצאו הערות".
אבל בתפילין ובמזוזה, אם טעה הסופר לרוב אין אפשרות לתקן חוץ מדיבוקים שיהיה אפשר להפריד (לא בכל המקרים) או חיסור דיו מעט באופן שהאות לא נפגמה.
במזוזה – לאחר ההגה והמזוזה נמצאה כשרה לברכה, עוברת המזוזה תהליך "סגירה" דהיינו: גלגול והכנסתה לבית מזוזה ישר וכהלכתו. שמטרתו לאטום את המזוזה ולאפשר את שמירתה מפגעי מזג האוויר קור, חום ולחות. טרם קביעתה בפתח הבית.
בתפילין – את פרשיות התפילין צריך לגלגלם היטב ולהכניסם לבתי התפילין.
כל בדיקה שנעשתה עבור מזוזה או תפילין או ספר תורה, צריך להוציא עליה אישור הגהה שעברה ונבדקה גם במחשב.