סופרי סת"ם כפופים לכללי כתיבה ולדינים שהם ההלכות המפורטים בספרי הלכה כגון: "משנה ברורה" שכתב הבית יוסף, "קסת הסופר" להרב שלמה גאנצפריד, "משנת סופרים" לחפץ חיים וכדומה.
לאחר שבתקופות אחרונות נמצאו הרבה סופרים שלא למדו את ההלכות כלל או שלא ידעו אותן די טוב, חייבו רבנים ובראשם ה"חתם סופר" את הסופרים לקבל כתב אישור מבית הדין הרבני. כתוצאה מכך הוקם בווארשא בשנת ה'תרצ"ה גוף בשם "שומרי סת"ם", אשר היה הגוף היחיד שהיה מוסמך לתת אישור לעבוד כסופר סת"ם בפולין וסביבתה. אמנם הארגון לא התקיים הרבה זמן – בשנת ה'תרצ"ט השואה הגיעה לפולין.
היום קיים בארץ בבני ברק ובארצות הברית ארגון "משמרת סת"ם" שהוא הממשיך דרכם של שומרי הסת"ם בפולין בראשם עומד הרה"ג רוזנר מגדולי ישראל והרב קליין שליט"א. "משמרת סת"ם" מחייבת את כלל הסופרים והמגיהים (המגיהים הם, הבודקים את כתבי הקודש שנכתבו ע"י סופר סת"ם) להיבחן אצלם מידי תקופה. סופר סת"ם מתחיל יבחן מידי שנה ושנה סופר סת"ם שרכש את האומנות הכתיבה ע"י סופר ותיק אחר או במכללה לסופרי סת"ם ולא פרש, יקבל כל שלוש שנים תעודת הסמכה, לאחר שניבחן בכתב 100 שאלות ובעל פה ע"י רב מוסמך מטעמם וגם יציג כתב עדכני המורה שכתיבתו עדיין לא חסרה. כי ברבבות הימים העיניים והידיים נחלשות ואי אפשר לדייק ולכתוב כהלכתו. על הסופר הניבחן להוציא במבחן בכתב לפחות ציון 85% בכדי לעבור ולהבחן גם בע"פ ולהציג תעודה עדכנית ולבסוף לקבל הסמכה או עדכון הסמכה.
